Jedną z najistotniejszych różnic pomiędzy krajowym systemem handlu uprawnieniami do emisji (nEHS) a europejskim systemem handlu uprawnieniami do emisji (EU-ETS) jest to, że w nEHS w handlu uprawnieniami do emisji uczestniczą nie te przedsiębiorstwa, które powodują emisje paliw (tzw. handel uprawnieniami do emisji na rynku niższego szczebla), ale raczej przedsiębiorstwa, które wprowadzają ciepło i paliwa do obrotu na poziomie handlu wyższego szczebla, gdzie powstaje podatek energetyczny (tzw. handel uprawnieniami do emisji na rynku wyższego szczebla).

Tak więc ponad 4000 uczestników nEHS to firmy zarówno z pierwszego, jak i ostatniego poziomu handlu. Należą do nich przede wszystkim

• Sprzedawcy ropy naftowej
• Sprzedawcy gazu skroplonego
• Dostawcy gazu ziemnego i ciepła
• Dostawcy i użytkownicy węgla
• Importerzy
• Rafinerie

Pomimo faktycznego rozdzielenia tych dwóch systemów, operatorzy instalacji, którzy już podlegają handlowi emisjami w ramach EU ETS, zostaną dotknięci przez nETS. W przypadkach, gdy instalacja podlegająca TEHG nabywa paliwa podlegające nEHS, istnieje podwójne obciążenie emisjami paliw zarówno w ramach BEHG, jak i TEHG.