Administrowanie kontem rejestru jest jednym z głównych obowiązków operatora instalacji.
Konto rejestru jest zawsze specyficzne dla instalacji, tzn. każda instalacja operatora ma swoje własne konto rejestru, które jest również nazywane kontem instalacji. Każdy rachunek w rejestrze musi mieć zwykle dwóch przedstawicieli, którzy mają dostęp do rachunku i obsługują zarządzanie certyfikatami.

Rachunek rejestrowy otrzymuje uprawnienia w drodze bezpłatnego przydziału i poprzez zakup. Jednakże, umarza ona również uprawnienia UE i sprzedaje je (jak również dobrowolnie je usuwa). Upoważnieni przedstawiciele, którzy mają dostęp do konta rejestru, podlegają stałej kontroli ze strony KOBiZE (dokumenty tożsamości, zaświadczenie o niekaralności) i są zobowiązani do utrzymywania wszystkich danych osobowych i danych dotyczących instalacji w sposób prawidłowy i aktualny w każdym czasie.

Jeżeli pewne czynności administracyjne na koncie rejestru nie zostaną wykonane, nie zostaną wykonane na czas lub nieprawidłowo, konto zostanie zablokowane przez KOBiZE. Jeżeli z rachunku rejestru nie zostaną umorzone żadne uprawnienia lub zostanie umorzona zbyt mała ich liczba zgodnie z rocznym raportem CO2, KOBiZE nałoży karę w wysokości 100 euro za każde nieumorzone uprawnienie; uprawnienia, które nie zostały umorzone, muszą również zostać umorzone.