We wczesnych latach handlu emisjami, każdy uczestniczący kraj miał prawo do ustalenia własnych zasad alokacji, znanych również jako krajowy plan alokacji. W tym czasie przydziały były prawie wyłącznie bezpłatne, a ich wysokość opierała się na historycznych emisjach danego przedsiębiorstwa.
Wraz z początkiem 2013 r., czyli rozpoczęciem trzeciego okresu rozliczeniowego, rozpoczęła się daleko idąca harmonizacja systemu EU ETS, a krajowe plany rozdziału uprawnień odeszły w przeszłość. Obecnie w każdym kraju uczestniczącym obowiązują te same zasady przydziału.

Obecnie bezpłatne przydziały opierają się głównie na standardach efektywności. Zakłady, które są najbardziej wydajne w całej UE pod względem intensywności emisji CO2 w ich produkcji, wyznaczają tzw. benchmarki. Mniej efektywna instalacja, mimo że wymaga większej ilości uprawnień, otrzyma przydział tylko równy wyznaczonemu dla niej benchmarkowi.
Sektory posiadające instalacje objęte systemem ETS, które intensywnie rywalizują z konkurentami z krajów trzecich, nie mogą przerzucać na swoich klientów kosztów ponoszonych w związku z nabywaniem uprawnień do emisji. Skutkiem może być przeniesienie produkcji, a tym samym przesunięcie emisji gazów cieplarnianych z obszaru monitorowanego w ramach EU ETS do krajów, w których nie ma ochrony klimatu lub jest ona mniejsza. Ryzyko to znane jest jako ucieczka emisji.

Wszystkie sektory lub produkty narażone na ryzyko ucieczki emisji, które są zgrupowane na tzw. liście ucieczki emisji sporządzonej przez UE, otrzymują w 100% darmowy przydział, biorąc pod uwagę zastosowany "benchmarking".
Z drugiej strony, producenci energii elektrycznej, którzy mogą łatwo przerzucić koszty spowodowane handlem emisjami na swoich klientów, nie otrzymują żadnych bezpłatnych przydziałów.