Dopiero coraz większy wzrost udziału wolumenu aukcyjnego w całkowitym budżecie uprawnień w III okresie rozliczeniowym pozwolił na sprawiedliwą alokację kosztów emisji CO2 dla zanieczyszczającego.
Obecnie istnieją dwie platformy aukcyjne, na których sprzedawane są uprawnienia EUA: lipska giełda energii EEX oraz londyńska giełda kontraktów terminowych ICE. EUA sprzedawane na aukcji są transakcjami natychmiastowymi. Aukcje odbywają się prawie codziennie na przynajmniej jednej z tych giełd.
Aukcje prowadzone są zgodnie z tzw. procedurą ceny jednostkowej. Procedura ta charakteryzuje się tym, że jest tylko jedna runda licytacji, zamówienia innych oferentów nie są widoczne, a wszyscy oferenci płacą tę samą cenę. Ponieważ na aukcjach regularnie występuje nadsubskrypcja, tj. popyt na EUA jest większy niż podaż, wielu oferentów odchodzi z pustymi rękami.
Państwa członkowskie są zobowiązane do wykorzystania co najmniej 50% wpływów z aukcji lub równoważnej wartości finansowej na cele związane z ochroną klimatu lub inne cele związane z energią. W Niemczech wpływy z aukcji są przeznaczane na tak zwany Fundusz Energii i Klimatu.