System EU ETS jest podzielony na różne okresy handlowe lub okresy przydziału uprawnień. Każdy okres charakteryzuje się swobodnym przydziałem EUA na podstawie szczegółowych przepisów prawnych, które rozwijały się na przestrzeni lat.

    1. okres handlowy 2005-2007
    2. okres handlowy 2008-2012
    3. okres handlowy 2013-2020
    4. okres handlowy 2021-2030

O ile w pierwszych trzech okresach handlowych okres rozliczeniowy odpowiadał okresowi alokacji, o tyle czwarty okres handlowy podzielony jest na dwa okresy alokacji (I okres rozliczeniowy: 2021 - 2025, II okres rozliczeniowy: 2026 - 2030). Na początku każdego okresu przydziału ponownie określa się ilość bezpłatnych uprawnień dla operatora instalacji.

Oprócz możliwości zapisania nadwyżki uprawnień EUA w danym okresie handlowym, od drugiego okresu handlowego dozwolone jest również przenoszenie uprawnień EUA na kolejne okresy handlowe. Ta możliwość przeniesienia środków nazywana jest bankowością.
Ponadto, w ramach okresu handlowego, EUA przydzielone na bieżący rok mogą być wykorzystane na zobowiązania z tytułu umorzenia za poprzedni rok.

Co do zasady, EUA nigdy nie traci ważności ani wartości, dopóki nie zostanie umorzona w celu zrównoważenia emisji CO2. Wyjątek stanowią EUA, które są anulowane w ramach rezerwy stabilności rynkowej.